明朝万历年间，江南书生秦啸生，因上书揭发官吏贪污漕粮，被控谋反，遭到通缉，在杭州遇衙役追捕。美丽的唱曲女艺人水红莲，因反抗大户人家强纳为妾，也逃亡于运河之畔。两人巧遇于拱宸桥献祭运河龙王的歌舞赛会上。他们互为掩护，假扮彩龙船的演出者，逃脱了抓捕。

因扮演船夫，秦生穿上水手李小管弃下的号服，水红莲让他将计就计，冒其名充当一名水手。两人一起乘坐船主张水鹞的客货船，沿运河北上流亡。患难相知，秦啸生与水红莲两人产生了真挚爱情。

可是恶霸船主张水鹞也打上了水红莲的主意。

船过苏州码头时，遇到了塾师先生的女儿关砚砚。因受风流水手李小管诱骗，关砚砚生下孩子，哭瞎了双眼。痴心的她日日在运河边苦等李小管至绝望。

船过苏州码头时，遇到了塾师先生的女儿关砚砚。因受风流水手李小管诱骗，关砚砚生下孩子，哭瞎了双眼。痴心的她日日在运河边苦等李小管至绝望。

张水鹞指证秦啸生就是李小管，秦啸生为避官府缉拿，有口难辩，只能自承李小管。张水鹞欲将之驱逐，水红莲坚决反对，张水鹞无奈只得将“李小管”及关砚砚母子都留在船上。

张水鹞发现了秦啸生的真实身份，威胁要到官府告发。走投无路之际，水红莲假意答应嫁给张水鹞，欲用缓兵之计，以便三人一起逃走。谁知狡猾的张水鹞表面答应，暗中却去告发。险恶之时，已明了秦啸生真实身份的关砚砚，为不连累水红莲与秦啸生，拒绝逃走。而此时抓捕者已声息相闻。心急如焚的水红莲让秦生带关砚砚先走，她拖延一阵，以使视物不便的关砚砚逃到安全处躲藏。秦生只好先安置好关砚砚，再回来接应水红莲。

张水鹞带衙役到来，见人去船空，便捆住水红莲，以她为诱饵，引秦啸生回来营救。为使秦啸生不落入圈套，水红莲引燃船上油灯，烧毁了客货船，自己也与客货船一起化为运河上的烈焰。她把挚爱留给秦啸生，把同情留给关砚砚。

秦啸生欲追随水红莲而去。关砚砚劝阻他，说红莲的死是为了他的生，他不能辜负红莲，要为红莲而走完自己的路。秦啸生被感化。

秦啸生与关砚砚一起来到北京，决定告发贪官直达九重。水红莲超越小儿女之爱的人间大爱，使得秦啸生与关砚砚找到了漂泊者心灵的家园。