歌剧《玛纳斯》选取中华民族三大史诗之一《玛纳斯》的核心故事展开剧情。公元10世纪,居住在帕米尔高原的柯尔克孜人被强敌环伺。英雄汗王玛纳斯统一各部落,率大军远征,攻陷敌人京城。玛纳斯撤军之际中了降敌空吾尔巴依毒斧,楚瓦克等英雄亡于神箭。玛纳斯遗孀卡妮凯含辛茹苦,抚养幼子赛麦台依长大。
数年后,赛麦台依登上汗位。一日,美女阿依曲莱克化成白天鹅,掠走赛麦台依的白鹰隼。赛麦台依带领楚瓦克之子坎巧绕一路追到阿依曲莱克家乡,消除了误会,解救了受困的阿昆汗王,迎娶了阿依曲莱克。赛麦台依的妻子恰绮凯心生妒意,不肯甘休。
玛纳斯梦授柯尔克孜歌者额尔奇吾勒,宿敌空吾尔巴依将带兵来犯。赛麦台依诱敌于冰峰峡谷的玛纳斯墓地,骑着父王的神驹迎战,砍断空吾尔巴依的手臂,乘胜追歼残敌。一直觊觎王位的坎巧绕与恰绮凯密谋,勾结仇敌之子汗克亚孜里应外合。
坎巧绕怂恿赛麦台依祭奠玛纳斯,骗到赛麦台依的神驹。坎巧绕原形毕露,刺向赛麦台依。阿依曲莱克携赛麦台依幻化而去。在卡妮凯和众族人呼唤中,玛纳斯诞生时的奇幻壮丽图腾显灵。玛纳斯一手握着油脂,一手握着血块,象征着柯尔克孜人和平正义、神勇无敌。
玛纳斯八代子孙血脉赓续,玛纳斯英雄史诗世代传颂。